Akcja w DEUS EX: MANKIND DIVIDED ma miejsce w 2029 roku, dwa lata po wydarzeniach przedstawionych w BUNCIE LUDZKOŚCI oraz niesławnym ‘Incydencie Aug’ w Panchaea, przez który miliony ludzi poniosły śmierć z rąk tych, którzy zainstalowali w sobie ulepszenia. To wydarzenie spowodowało ogromny podział pomiędzy ludźmi, którzy zdecydowali się na wszczepy oraz tych, którzy się od tego powstrzymali.